目的：利用整合药理学和转录组学方法，构建肝细胞癌与胆管癌共同差异微RNA(miRNA)调控网络，并对关键靶点进行中药预测分析。方法：从GEO数据库获取肝细胞癌、胆管癌芯片数据集，借助在线分析工具GEO2R分析出差异表达miRNA(DEMs)并对其取交集，得到共同DEMs

分别运用FunRich和miRNet软件预测上游转录因子及下游靶基因，并利用DAVID数据库对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因(hubGenes)并构建miRNA-hubGenes网络。运用UALCAN、Kaplan Meier-plotter和Coremin Medical数据库对关键基因进行差异表达、总体生存率及相关中药预测分析。结果：肝细胞癌筛选出14个DEMs

胆管癌筛选出104个DEMs

miR-199a-5p为两者共同DEMs

涉及28个上调转录因子，166个下游靶基因；富集分析结果显示，这些靶基因参与肿瘤细胞凋亡、增殖、间质转变和迁移等生物过程，主要通过癌症通路、FoxO信号通路、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路以及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路发挥作用；核心靶点关联中药性味偏微寒，主归肝经，关联最为密切的中药为丹参。结论：miR-199a-5p是肝细胞癌与胆管癌之间重要调控miRNA

丹参干预关键基因出现频次较多，与研究报道基本相符，可为后续肝胆癌机制研究和临床应用提供依据与参考。