新型冠状病毒肺炎流行期间，做好上呼吸道咽拭子标本采集工作直接关系到核酸检测的准确性。然而，标本采集过程存在交叉传播的风险，因此，大规模人群新型冠状病毒核酸检测的组织管理至关重要。重庆市某高校进行了5次大规模人群新型冠状病毒核酸检测，检测现场管控到位，采集标本全部合格，无不良事件发生。本文总结了该高校大规模人群新型冠状病毒核酸检测的组织管理经验，包括以下几点：领导亲临现场，精心组织；采样流程规范，保障质量；人员组织有序，培训到位；时间安排科学，避免拥挤；场地宽敞通风，布置合理；做好消毒工作，避免感染；服务人文关怀，保障到位。以冀为今后高校组织类似活动提供借鉴。