目的　以中国科学引文数据核心库（CSCD-C）收录的生物医学期刊为数据来源，通过实证分析，对开放获取期刊在学术交流体系中的影响力进行比较研究。方法　采用文献计量学与统计学方法，利用SPSS软件进行秩和检验，对CSCD收录的开放获取与非开放获取的生物医学期刊分别进行多指标统计。结果　开放获取期刊仅占统计期刊总数的31.63%；开放获取期刊平均基金论文比为72.29%。统计期刊在学科中的影响力，临床医学与特种医学类开放获取期刊的自被引率较高；生物学类开放获取期刊的平均影响因子与ｈ指数较高；预防医学类开放获取期刊的平均影响因子较高；综合医学类非开放获取期刊的平均ｈ指数较高。结论　各学科开放获取期刊的数量分布不均衡；开放获取期刊的基金论文比高于非开放获取期刊，两者学科影响力差异不明显。