目的 比较血培养、赘生物培养、赘生物宏基因组二代测序（mNGS）在感染性心内膜炎病原学诊断中的作用。方法 回顾性分析上海交通大学附属第六人民医院67例行手术治疗的感染性心内膜炎患者的临床资料，并对血培养、赘生物培养、赘生物mNGS的病原微生物检出情况进行对比分析。根据血培养前是否进行抗感染治疗将患者分为抗感染组与非抗感染组，比较2组中三种方法病原微生物检出情况。结果 血培养、赘生物培养及赘生物mNGS均检出相同病原微生物，赘生物培养检出率为15.22%，血培养检出率为72.41%，mNGS检出率为96.77%；3组检出率比较差异有统计学意义（P＜0.01）。血培养前抗感染组中血培养、赘生物培养和赘生物mNGS三种方法的检出率分别为71.70%、16.28%、96.49%，三种方法病原微生物检出率比较差异有统计学意义（P＜0.001）。血培养前非抗感染组中血培养、赘生物培养、赘生物mNGS三种检测方法的病原微生物检出率分别为80.00%、0、100%，三种方法病原微生物检出率比较差异具有统计学意义（P＜0.05）。结论 无论血培养前是否应用抗生素治疗，mNGS对于感染性心内膜炎病原微生物检出率都高于血培养和赘生物培养，其检出率高、快速准确，可作为感染性心内膜炎微生物学诊断的重要辅助工具。