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网络首发:2002-04-30,
纸质出版:2002
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张克斌,金晓琳,朱军民,胡晓梅,饶贤才,胡福泉,铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序[J].陆军军医大学学报(原第三军医大学学报),2002,24(04):0-.
张克斌, 金晓琳, 朱军民, et al. 铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序[J]. Journal of Army Medical University, 2002, 24(4).
张克斌,金晓琳,朱军民,胡晓梅,饶贤才,胡福泉,铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序[J].陆军军医大学学报(原第三军医大学学报),2002,24(04):0-. DOI:10.16016/j.1000-5404.2002.04.002
张克斌, 金晓琳, 朱军民, et al. 铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序[J]. Journal of Army Medical University, 2002, 24(4). DOI: 10.16016/j.1000-5404.2002.04.002.
目的 对新分离的铜绿假单胞菌dsDNA溶原性噬菌体PaP3进行基因组测序。方法 用CsCl梯度离心纯化噬菌体PaP3颗粒
提取噬菌体基因组DNA
建立shot-gun随机文库
从文库中随机挑取克隆进行测序并完成序列组装
同时通过限制性内切酶图谱结合酶切片段的变性、复性实验分析基因组末端。结果 共进行了 778条序列的测定与拼接
测序量达到 1 3 5倍覆盖率
得到一条长为 4 42 4 9bp的重叠群
此重叠群错误率为 9 4 6ERR 1 0KB
测序结果和酶切图谱分析表明该PaP3基因组是一 4 42 4 9bp长的线性平端dsDNA分子。其碱基组成为A =2 4 2 4 %
G =2 6 1 8%
T =2 3 6 3%
C =2 5 94 % ;稀有碱基 =0 ;A +T =4 7 87%
C +G=52 1 3%。结论 噬菌体PaP3基因组是由 4 42 4 9bp组成的线性平端双链DNA分子。测序完成为生物信息学分析和功能基因研究奠定了基础。
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