浏览全部资源
扫码关注微信
慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析
Identification and analysis of circular RNA expression profiles in chronic hepatitis B
- 重庆医科大学学报 2024年49卷第9期 页码：1193-1200
- 作者机构：
1.重庆医科大学公共卫生学院流行病学教研室,重庆 400016
2.重庆市九龙坡区疾病预防控制中心免疫规划管理科,重庆 400039
- 作者简介：
周明纱，Email：2021110619@stu.cqmu.edu.cn，研究方向：慢性乙型肝炎分子流行病学。
周 莉，Email：zhouli@cqmu.edu.cn。
- 基金信息：重庆市渝中区自然科学基金资助项目(20210139);重庆医科大学未来医学青年创新计划资助项目(W0177);重庆市自然科学基金资助项目(CSTB2024NSCQ-MSX0169)
DOI：10.13406/j.cnki.cyxb.003582
中图分类号： R183.9收稿：2024-01-12，
修回：2024-02-23，
录用：2024-02-26，
纸质出版：2024-09-28
- 稿件说明：
移动端阅览
周明纱,范捷,刘兴,等.慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析[J].重庆医科大学学报,2024,49(9):1193-1200.
Zhou Mingsha,Fan Jie,Liu Xing,et al.Identification and analysis of circular RNA expression profiles in chronic hepatitis B[J].Journal of Chongqing Medical University,2024,49(9):1193-1200.
周明纱,范捷,刘兴,等.慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析[J].重庆医科大学学报,2024,49(9):1193-1200. DOI： 10.13406/j.cnki.cyxb.003582.
Zhou Mingsha,Fan Jie,Liu Xing,et al.Identification and analysis of circular RNA expression profiles in chronic hepatitis B[J].Journal of Chongqing Medical University,2024,49(9):1193-1200. DOI： 10.13406/j.cnki.cyxb.003582.
摘要
目的
2
分析慢性乙型肝炎（chronic hepatitis B，CHB）患者与健康对照人群的外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMCs）中环状RNA（circular RNA，circRNA）表达谱，筛选验证差异表达的circRNA，并研究差异表达circRNA的特征、通路及下游基因。
方法
2
利用高通量芯片技术鉴定CHB患者和健康对照组中异常表达circRNA。随后对差异circRNA来源基因进行基因本体论和京都基因百科全书富集分析。基于竞争性内源RNA理论，利用多个数据库预测差异circRNA结合的微小RNA（microRNA，miRNA）和miRNA靶mRNA，并构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。最后利用实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR，qRT-PCR）对芯片结果进行验证。
结果
2
与健康对照组相比，CHB患者PBMCs中存在321个表达上调和549个表达下调的circRNAs。大多数差异表达circRNAs来源于外显子剪切，主要分布于1号和2号染色体。生物信息学分析表明差异circRNAs的来源基因主要参与免疫、炎症反应及疾病相关通路。circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括11个circRNAs、17个miRNAs和212个mRNAs。qRT-PCR结果显示circRNA表达趋势与芯片结果一致。与健康对照组比较，hsa_circ_0018744表达在CHB患者组中明显上调（
F
=4.382，
P<
0.01），hsa_circ_0085744表达明显下调（
F
=4.906，
P
<
0.01）。
结论
2
与健康对照组相比，CHB患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs。进一步功能分析表明，这些差异表达circRNAs可以通过某些通路参与CHB发生发展。
Abstract
Objective
2
To analyze the expression profiles of circular RNAs（circRNAs） in peripheral blood mononuclear cells （PBMCs） in patients with chronic hepatitis B（CHB） and healthy controls，select and validate differentially expressed circRNAs，and study the characteristics，pathways，and downstream genes of differentially expressed circRNAs.
Methods
2
We identified differentially expressed circRNAs between patients with CHB and controls using high-throughput microarray technology； performed Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment analyses on the origin genes of the differentially expressed circRNAs； based on the competing endogenous RNA hypothesis，predicted the target micro RNAs（miRNAs） of the differentially expressed circRNAs and the target messenger RNAs（mRNAs） of the miRNAs using multiple databases to construct a circRNA-miRNA-mRNA regulatory network；and finally，validated the microarray results using quantitative real-time PCR（qRT-PCR）.
Results
2
A total of 321 upregulated circRNAs and 549 downregulated circRNAs were found in PBMCs of patients with CHB compared with healthy controls. Most of the differentially expressed circRNAs were derived from exon splicing，and were mainly distributed on chromosomes 1 and 2. The enrichment analyses demonstrated that the origin genes of the differentially expressed circRNAs were mainly involved in immune，inflammatory response，and disease-related pathways. The established circRNA-miRNA-mRNA regulatory network consisted of 11 circRNAs，17 miRNAs，and 212 mRNAs. The qRT-PCR results demonstrated that circRNA expression trends were consistent with the microarray results. Notably，in the CHB group，hsa_circ_0018744 was significantly upregulated（
F
=4.382，
P
<
0.01），and hsa_circ_0085744 was significantly downregulated（
F
=4.906，
P
<
0.01），as compared with healthy controls.
Conclusion
2
The identified differentially expressed circRNAs in PBMCs between patients with CHB and healthy controls may play a role in the development and progression of CHB through certain pathways.
关键词
Keywords
references
Ren H . The experience of management of chronic hepatitis B in China [J ] . J Viral Hepat ， 2017 ， 24 （ s1 ）： 4 - 5 ．
Soriano V ， Young B ， Reau N . Report from the international conference on viral hepatitis - 2017 [J ] . AIDS Rev ， 2018 ， 20 （ 1 ）： 58 - 70 ．
Liu J ， Liang WN ， Jing WZ ， et al . Countdown to 2030：eliminating hepatitis B disease，China [J ] . Bull World Health Organ ， 2019 ， 97 （ 3 ）： 230 - 238 ．
Su S ， Wong WC ， Zou ZR ， et al . Cost-effectiveness of universal screening for chronic hepatitis B virus infection in China：an economic evaluation [J ] . Lancet Glob Health ， 2022 ， 10 （ 2 ）： e278 - e287 ．
Akbar SMF ， Yoshida O ， Hiasa Y . Immune therapies against chronic hepatitis B [J ] . J Gastroenterol ， 2022 ， 57 （ 8 ）： 517 - 528 ．
Yang ZJ ， Sun BZ ， Xiang JC ， et al . Role of epigenetic modification in interferon treatment of hepatitis B virus infection [J ] . Front Immunol ， 2022 ， 13 ： 1018053 ．
Lau G ， Yu ML ， Wong G ， et al . APASL clinical practice guideline on hepatitis B reactivation related to the use of immunosuppressive therapy [J ] . Hepatol Int ， 2021 ， 15 （ 5 ）： 1031 - 1048 ．
Memczak S ， Jens M ， Elefsinioti A ， et al . Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency [J ] . Nature ， 2013 ， 495 （ 7441 ）： 333 - 338 ．
Hsiao KY ， Sun HS ， Tsai SJ . Circular RNA - New member of noncoding RNA with novel functions [J ] . Exp Biol Med ， 2017 ， 242 （ 11 ）： 1136 - 1141 ．
Zhou TC ， Li X ， Chen LJ ， et al . Differential expression profile of hepatic circular RNAs in chronic hepatitis B [J ] . J Viral Hepat ， 2018 ， 25 （ 11 ）： 1341 - 1351 ．
Chen L ， Sun ZG ， Xu H ， et al . Emerging roles of circular RNAs in thyroid cancer [J ] . Exp Cell Res ， 2021 ， 404 （ 2 ）： 112626 ．
He W ， Zhu XY ， Tang XY ， et al . Circ_0027089 regulates NACC1 by targeting miR-136-5p to aggravate the development of hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma [J ] . Anticancer Drugs ， 2022 ， 33 （ 1 ）： e336 - e348 ．
Huang XY ， Huang ZL ， Xu YH ， et al . Comprehensive circular RNA profiling reveals the regulatory role of the circRNA-100338/miR-141-3p pathway in hepatitis B-related hepatocellular carcinoma [J ] . Sci Rep ， 2017 ， 7 （ 1 ）： 5428 ．
Panda AC . Circular RNAs act as miRNA sponges [J ] . Adv Exp Med Biol ， 2018 ， 1087 ： 67 - 79 ．
Si T ， Ning XJ ， Chen HH ， et al . ANTXR1 as a potential prognostic biomarker for hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma identified by a weighted gene correlation network analysis [J ] . J Gastrointest Oncol ， 2021 ， 12 （ 6 ）： 3079 - 3092 ．
Marotel M ， Villard M ， Drouillard A ， et al . Peripheral natural killer cells in chronic hepatitis B patients display multiple molecular features of T cell exhaustion [J ] . Elife ， 2021 ， 10 ： e60095 ．
Zheng YY ， Li J ， Johnson DL ， et al . Regulation of hepatitis B virus replication by the ras-mitogen-activated protein kinase signaling pathway [J ] . J Virol ， 2003 ， 77 （ 14 ）： 7707 - 7712 ．
Xie XY ， Lv HR ， Liu CX ， et al . HBeAg mediates inflammatory functions of macrophages by TLR2 contributing to hepatic fibrosis [J ] . BMC Med ， 2021 ， 19 （ 1 ）： 247 ．
Chen WJ ， Bian HJ ， Xie XY ， et al . Negative feedback loop of ERK/CREB/miR-212-3p inhibits HBeAg-induced macrophage activation [J ] . J Cell Mol Med ， 2020 ， 24 （ 18 ）： 10935 - 10945 ．
Yu FJ ， Chen BC ， Fan XF ， et al . Epigenetically-regulated microRNA-9-5p suppresses the activation of hepatic stellate cells via TGFBR1 and TGFBR2 [J ] . Cell Physiol Biochem ， 2017 ， 43 （ 6 ）： 2242 - 2252 ．
Guo YH ， Kang W ， Lei XY ， et al . Hepatitis B viral core protein disrupts human host gene expression by binding to promoter regions [J ] . BMC Genomics ， 2012 ， 13 ： 563 ．
Mao RC ， Dong MH ， Shen ZL ， et al . RNA helicase DDX17 inhibits hepatitis B virus replication by blocking viral pregenomic RNA encapsidation [J ] . J Virol ， 2021 ， 95 （ 19 ）： e0044421 ．
李德瑶 ， 陆丹娟 ， 曲晨箫 ， 等 . 乙型肝炎病毒RNA的转录后调控机制及抗病毒策略 [J ] . 中华肝脏病杂志 ， 2024 ， 32 （ 5 ）： 474 - 480 ．
Li DY ， Lu DJ ， Qu CX ， et al . Post-transcriptional regulation mechanism and antiviral strategy of hepatitis B virus RNA [J ] . Chin J Hepatol ， 2024 ， 32 （ 5 ）： 474 - 480 ．
Kong Z ， Lu YL ， Yang Y ， et al . m6A-mediated biogenesis of circDDIT4 inhibits prostate cancer progression by sequestrating ELAVL1/HuR [J ] . Mol Cancer Res ， 2023 ， 21 （ 12 ）： 1342 - 1355 ．
Kunadirek P ， Ariyachet C ， Sriphoosanaphan S ， et al . Identification of BHLHE40 expression in peripheral blood mononuclear cells as a novel biomarker for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma [J ] . Sci Rep ， 2021 ， 11 （ 1 ）： 11201 ．
El-Kafrawy SA ， El-Daly MM ， Bajrai LH ， et al . Genomic profiling and network-level understanding uncover the potential genes and the pathways in hepatocellular carcinoma [J ] . Front Genet ， 2022 ， 13 ： 880440 ．
0
浏览量
10
下载量
0
CSCD
- 网络PDF下载
- WORD下载
- Meta-XML下载
- BibTeX下载
- Endnote下载
- RefMan 下载
- NoteExpress下载
- NoteFirst下载
关联资源
相关文章
相关作者
相关机构
- 技术支持由北京北大方正电子有限公司提供 京ICP备09064830号-19
京公网安备11010802024621 - 本系统建议在Chrome、 IE9+ 以上版本浏览器阅读本站内容，360浏览器请切换至极速模式
- Cookies帮助我们提供服务并提供个性化体验。使用本网站，即表示您同意我们使用Cookies
