Spatial profiling of gastric cancer reveals distinct transcriptional meta-programs driving immunosuppressive microenvironment

PENG Ziyi; ZHANG Yongchao; LIU Zhenkun; XIANG Junyu; LI Xianfeng; QIU Qiu; WANG Bin

doi:10.16016/j.2097-0927.202512013

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Spatial profiling of gastric cancer reveals distinct transcriptional meta-programs driving immunosuppressive microenvironment

Basic Medicine | 更新时间：2026-02-23

- Spatial profiling of gastric cancer reveals distinct transcriptional meta-programs driving immunosuppressive microenvironment
- Journal of Army Medical University Vol. 48, Issue 3, Pages: 272-282(2026)
- 作者机构：
  
  1.陆军军医大学（第三军医大学）大坪医院消化内科，消化系统肿瘤精准防治重庆市重点实验室，重庆
  2.陆军军医大学（第三军医大学）基础医学院细胞生物学教研室，重庆
  3.重庆市合川区人民医院消化内科，重庆
- 作者简介：
  
  QIU Qiu， E-mail： 360894544@qq.com
  WANG Bin， E-mail： wb_tmmu@126.com
- 基金信息：
  
  the National Key Research and Development Program of China(2023YFC3402102;2022YFA1105302);the Chongqing Graduate Research and Innovation Program(CYS240815)
- DOI：10.16016/j.2097-0927.202512013
  CLC： R394.3;R730.23;R735.2
- Received：02 December 2025，
  
  Revised：2026-01-12，
  
  Accepted：12 January 2026，
  
  Published：15 February 2026
- 稿件说明：
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彭紫依，张永超，刘振昆，等.胃癌异质性转录元程序相关的微环境空间互作单元及临床意义分析［J］.陆军军医大学学报，2026，48（03）：272-282.DOI：10.16016/j.2097-0927.202512013.

PENG Z Y，ZHANG Y C，LIU Z K，et al.Spatial profiling of gastric cancer reveals distinct transcriptional meta-programs driving immunosuppressive microenvironment［J］.J Army Med Univ，2026，48（03）：272-282.DOI：10.16016/j.2097-0927.202512013.
彭紫依，张永超，刘振昆，等.胃癌异质性转录元程序相关的微环境空间互作单元及临床意义分析［J］.陆军军医大学学报，2026，48（03）：272-282.DOI：10.16016/j.2097-0927.202512013. DOI：

PENG Z Y，ZHANG Y C，LIU Z K，et al.Spatial profiling of gastric cancer reveals distinct transcriptional meta-programs driving immunosuppressive microenvironment［J］.J Army Med Univ，2026，48（03）：272-282.DOI：10.16016/j.2097-0927.202512013. DOI：

摘要

目的

系统揭示胃癌不同转录元程序（meta-program， MP）的肿瘤微环境特征及其空间互作单元，探讨其潜在临床意义。

方法

整合分析2个胃癌单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing， scRNA-seq）数据集，鉴定恶性细胞转录MP。在胃癌转录组［癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas， TCGA）］或芯片队列（GSE15459、GSE66229）中验证MP的预后价值。利用scRNA-seq解析在不同MP背景下微环境中特征性细胞亚群的组成差异，推断关键的配体-受体对话机制。结合空间转录组验证上述细胞亚群和配体-受体的共定位。在上述转录组/芯片队列中评估关键细胞特征基因集及互作分子的表达水平与患者总生存期的关系。

结果

在胃癌恶性细胞中，鉴定出4类转录元程序（MP1~MP4），其中MP2和MP4的高表达与患者不良预后显著相关（

0.05）。在MP2高表达样本中，SPP1⁺巨噬细胞显著富集，且该细胞与T3中性粒细胞通过SPP1-CD44配体-受体对进行细胞互作，空间转录组进一步证实二者在组织中存在共定位。SPP1⁺巨噬细胞特征（

=0.007）及SPP1-CD44联合特征（

0.008）均与患者不良预后显著相关。在MP4高表达样本中，肌成纤维细胞（myofibroblastic cancer-associated fibroblast， myCAF）显著富集，其与耗竭性CD8⁺ T细胞经由COL6A家族-ITGB1信号轴相互作用，空间转录组进一步证实二者在组织中存在共定位。myCAF特征（

=0.001）及COL6A家族-ITGB1联合特征（

0.001）均与患者不良预后显著相关。

结论

在胃癌中MP2和MP4分别关联于SPP1⁺巨噬细胞-T3中性粒细胞和myCAF-耗竭性CD8⁺ T细胞这两个免疫抑制性空间互作单元，二者可能分别通过SPP1-CD44和COL6A家族-ITGB1信号轴驱动胃癌进展，为精准免疫治疗提供了潜在靶点。

Abstract

Objective

To systematically characterize tumor microenvironmental features and spatial cellular interactomes associated with distinct transcriptional meta-program (MP) in gastric cancer

and explore their clinical implications.

Methods

We integrated 2 gastric cancer single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets to identify malignant cell-derived transcriptional MP. The prognostic value was validated in 3 independent bulk transcriptomic cohorts: The Cancer Genome Atlas (TCGA)

GSE15459

and GSE66229. Using scRNA-seq

we dissected MP-specific shifts in microenvironmental cell composition and inferred dominant ligand-receptor interactions. Spatial transcriptomics confirmed the co-localization of implicated cell subsets and signaling pairs. Survival analyses were used to access the associations between key cellular signatures/interaction signatures and patient outcomes.

Results

Four MP from MP1 to MP4 were identified in malignant cells. High expression of MP2 and MP4 significantly correlated with worse overall survival (

0.05). In MP2-high tumors

SPP1⁺ macrophages were enriched and predicted to interact with T3 neutrophils

via

the SPP1-CD44 ligand-receptor pair

with spatial co-localization validated. Both SPP1⁺ macrophage signature (

=0.007) and SPP1-CD44 interaction signature (

=0.008) predicted adverse prognosis. In MP4-high tumors

myofibroblastic cancer-associated fibroblast (myCAF) were expanded and showed interaction with exhausted CD8⁺ T cells through the COL6A family-ITGB1 signaling axis

which was also spatially validated. The myCAF signature (

=0.001) and COL6A family-ITGB1 interaction signature (

0.001) correlated with poorer survival.

Conclusion

MP2 and MP4 delineate 2 distinct immunosuppressive spatial niches in gastric cancer: SPP1⁺ macrophage-T3 neutrophil and myCAF-exhausted CD8⁺ T cell. These niches likely drive tumor progression

via

SPP1-CD44 and COL6A family-ITGB1 axes

respectively

providing potential targets for precision immunotherapy.

关键词

Keywords

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