目的　尝试用简并引物扩增序列未知的channelcatfish基因组DNA中rag1基因的片段并测序

为rag1基因的早期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据。方法　基于rag1基因的高度保守设计简并引物

PCR扩增channelcatfish基因组DNA中rag1基因的片段

TA克隆并双向测序。将所得序列资料拼接

用多种生物信息学方法分析其ORF、内含子、与其它物种rag1基因及Rag1蛋白的相似性

并做多序列比较和系统进化树分析。结果　扩增出 3条chan nelcatfishrag1基因的DNA片段。从拼接后的序列中找到一 2 2 3 5bp的ORF和一 2 93bp的内含子

所得序列与其它物种rag1基因的相似程度高 (多大于 70 %)

去除内含子后的channelcatfishrag1基因序列与zebrafish、rainbowtrout、bullshark的rag1基因cDNA全序列碱基一致的位点占 43 9%

自第 13 5 2位碱基至 2 92 5位碱基为 5 3 1%

而自第 1位碱基至 13 5 1位碱基为 3 3 2 %

有非常显著的差异 (P 0 .0 1)。结论　用简并引物成功扩增出channelcatfishrag1基因的DNA片段。序列在GenBank中的登记号是 :AY42 3 85 8(去除内含子序列 )

AY42 3 85 9。rag1基因进化缓慢

高度保守

不同物种rag1基因的变异相对集中在氨基末端的区域。系统进化树分析显示了 13种硬骨鱼在进化上关?